Die gemeinnützige Stiftung Wissenschaft und Kultur Domus Dorpatensis ist durch Gründungsbeschluss und auf der Grundlage der Satzung von Juni 2002 in Tartu (Dorpat) gegründet worden. Gründer waren Prof. Dr. Dr. Alexander von Rücker, der Verein Baltische Baudenkmäler und Jenik Radon.

Die Stiftung ist eine juristische Person des bürgerlichen Rechts und stützt sich in ihrer Tätigkeit auf die Gesetze der Republik Estland und auf die Bestimmungen der Satzung. Sie ist ein estnisch-deutsches Gemeinschaftsprojekt. Zweck der Stiftung ist die Förderung und Verbreitung wissenschaftlicher, gesellschaftlicher und kultureller Erkenntnisse. Dafür soll die Stiftung Seminare, Konferenzen, Vorlesungsreihen und kulturelle  Veranstaltungen durchführen.

Domus Dorpatensis versteht sich als Begegnungsstätte für Wissenschaftler und Künstler und soll sich durch Vermietung und Verpachtung von Seminar- und Büroräumen wirtschaftlich tragen. Aktuell überarbeitet der
Stiftungsrat von Domus Dorpatensis entsprechend der Herausforderungen der jetzigen Zeit eine Strategie zur Umsetzung der Ziele der Stiftung.

Nach wie vor können auch gemeinsame Veranstaltungen mit deutschbaltischen Organisationen, wie Domus Rigensis oder der Deutsch-Baltischen Gesellschaft durchgeführt werden. Die Stiftung Domus Dorpatensis arbeitet mit der Stiftung Pro Baltia zusammen. Der Verein Baltische Baudenkmäler steht in enger Verbindung mit der Stiftung pro Baltia.