Die gemeinnützige Stiftung Wissenschaft und Kultur Domus Dorpatensis ist durch Gründungsbeschluss und auf der Grundlage der Satzung von Juni 2002 in Dorpat/Tartu gegründet worden (vgl. http://www.dorpatensis.ee). Herr Prof. Dr. Dr. Alexander von Rücker hat als Hauptstifter Grundstück und Gebäude für das Domus Dorpatensis eingebracht. Daneben ist u.a. auch der Verein Baltische Baudenkmäler als Stifter vertreten. Die Stiftung ist eine juristische Person des bürgerlichen Rechts und stützt sich in ihrer Tätigkeit auf die Gesetze der Republik Estland und auf die Bestimmungen der Satzung. Sie ist ein estnisch-deutsches Gemeinschaftsprojekt.
Zweck der Stiftung ist die Förderung und Verbreitung wissenschaftlicher, gesellschaftlicher und kultureller Erkenntnisse. Dafür soll die Stiftung Seminare, Konferenzen, Vorlesungsreihen und kulturelle Veranstaltungen durchführen. Das Domus Dorpatensis versteht sich als Begegnungsstätte für Wissenschaftler und Künstler und soll sich u.a. durch Vermietung und Verpachtung von Seminar- und Büroräumen wirtschaftlich tragen. Der zwischenzeitlich durchgeführte Hotelbetrieb ist im Herbst 2020 eingestellt worden. Heute unterhält die Stiftung die Domus Dorpatensis Academy (Fortbildung für soziale Verantwortung in der Gesellschaft; vgl. unter https://ddacademy.net/) und das Domus Dorpatensis StratLab (Unternehmensberatung für soziale und öffentliche Belange; vgl. https://stratlab.ee). Veranstaltungs- und Seminarräume sind nach wie vor vorhanden, die ehemaligen Hotelzimmer werden u.a. an umweltfreundliche/soziale Start-ups und Organisationen sowie an Studenten und Gastdozenten vermietet. Die Academy und das StratLab sind auch in Riga und bald auch in Vilnius tätig. Jugendliche, die in der Stiftung hospitieren wollen, sind willkommen. Nach wie vor können auch gemeinsame Veranstaltungen mit deutschbaltischen Organisationen, wie der Deutschbaltischen Studienstiftung, durchgeführt werden. Über die Stiftung pro Baltia (siehe pro Baltia) wird die Stiftung Domus Dorpatensis ideell und auch finanziell unterstützt.